一、培訓班上課內容
上課內容涵蓋“基因組學―蛋白質組學―系統生物學”的研究方法、技術思路、前沿進展及其在各生物學科中的應用。
核心課程包括：
1. 基因組的比較研究、DNA測序技術原理與進展（講課人：于 軍 教授）
2. 轉錄組的測定與分析、大規模測序方法及應用、微生物基因組學、基因組學與醫學（講課人：胡松年教授）
3. 系統生物學建模分析及高通量分析技術應用（講課人：楊軍、陳銘教授等）
4. 蛋白質組學概論及應用 （講課人：鐘伯雄教授）
二、培訓班上機內容
上機實習課采用 “跟我學”方式，學習實踐各類基礎生物信息學軟件，每人一臺PC機跟著大屏幕一步步學會基因組、蛋白質組學數據分析的基本方法。
主要內容如下：
實習一： 基因組數據注釋和功能分析
通過序列比對工具BLAST的學習，了解基因功能注釋的原理；介紹多序列聯配工具ClustalX及分子進化分析軟件MEGA4，掌握系統發生樹繪制的基本方法，認識基因復制在進化上的功能；學習基因序列分析常用的數據庫和軟件。
實習二： 轉錄組數據分析
介紹轉錄組數據分析的基本流程及其原理；通過對tophat、cufflinks、R等轉錄組數據分析工具的介紹及演示，了解基于二代測序數據的轉錄組分析流程及常用分析方法； 利用kegg、GOstat、DAVID等在線工具挖掘轉錄組數據的生物學意義。
實習三：系統生物學軟件實習-----網絡結構顯示與分析
利用Cytoscape系統生物學分析軟件，分析蛋白－蛋白相互作用，展示分子網絡系統，并與基因表達等數據整合。
實習四：蛋白質結構與功能分析
從數據庫搜索感興趣的蛋白質氨基酸序列開始，接著對蛋白質基本理化性質、二級結構、和三維空間結構和序列模體進行分析，預測目標蛋白的生物功能。
實習五： 蛋白質組質譜分析
使用X！Tandem、Mascot、Sequest等軟件鑒定蛋白質質譜數據，將質譜結果匹配到蛋白質組數據庫鑒定蛋白；使用TPP軟件包進行統計學分析和優化檢索結果練習。
三、培訓對象
無生物信息學背景，希望了解生物信息學的學員；
計劃開展各類組學研究的科研人員；
已有組學數據需了解分析方法的研究人員；
有志從事生物信息學相關工作的學生或者技術人員。
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